個人事業主がM&Aをする場合、事業資産は①土地建物の不動産や設備の動産と②営業権に大まかに区分されます。どちらも譲渡所得として課税されますが、①は分離課税、②は総合課税です。例えば、医師や歯科医師等の所得が多い方は、②の総合課税の税率が高い為、出来るだけ営業権として評価されない方が手残りにかなりの差が出ます。ではどうすべきかですが、総合課税の税率が高い方は、不動産等を鑑定してもらい、適正な価格をつけてもらい、出来るだけ営業権を少なくする工夫が必要です。

総合課税で最高税率が適用されている場合、分離課税では２０％に対して、総合課税では５５％ですので差額は３５％です。1,000万円の総合課税とするか、分離課税とするかで350万円の差があります。（分離課税の方が少ない）　

　あくまで大まかな話ですので、詳しくは顧問税理士さんへご確認下さい。